在版权方面，欧盟委员会指责美国《版权法》的相关规定仍未与世界贸易组织(WTO)有关知识产权的规定相一致，导致“爱尔兰音乐”纠纷长期未决，使欧洲的音乐制作者和表演者无法在美国享有广播权，但美国的知识产权持有人在欧盟国家却享有同等保护。欧盟再次强调，美国未加入《罗马公约》并在履行《WIPO表演和录音制品条约》(1996年)时享有例外。

　　在专利方面，欧盟指责美国政府在实际运作中多次忽视TRIPs协议第31条相关规定，即要求政府在使用专利时仍有尽快通知专利权人强制许可的义务，这则意味着专利权人有可能因此错失采取行政申请程序的机会。但欧盟同时亦表示，美国在专利改革中就先申请制优于先发明制进行的讨论是在朝着正确的方向前进。

　　在商标方面，1998年美国国会通过的《拨款法案》第211条款，限制曾于上世纪50年代末和60年代初被古巴政府国有化的原古巴私人企业的商标品牌在美国注册，这一违背TRIPs协议的规定至今仍在生效。

　　此外，欧盟委员会还提及了双方在软件可专利性和美国对货物和技术再出口控制问题上的分歧，并称美国在《植物专利法》中对植物新品种的相关规定，严重制约了有关观赏性植物育种材料的商业活动。